酵母馒头是用纯酵母发酵而成的，菌种比较纯，而碱面馒头除了加入酵母以外还加入了碱面，菌种相对较复杂。

碱面馒头，就是采用老面发酵后再用碱解除发面里面的酸味，同时面中的酸和碱中和产生二氧化碳气体，从而使面进一步膨松，形成发酵面制品的独特风味。

酵母馒头，是采用活性鲜酵母菌发酵制作而成，具有丰富的蛋白质、生长素及维生素等，故营养价值要比用碱蒸制的馒头高得多。